Depois de uma série de conflitos, incluindo uma Guerra Civil que deixou a Iugoslávia (ou Jugoslávia) em grande parte afundada na pobreza, o grande território se dividiu em seis países: Eslovênia, Bósnia, Macedônia, Montenegro, Sérvia e Croácia. Por pertencer a Iugoslávia, a Croácia começou a poder participar de Mundiais a partir de 1940, tendo sua primeira participação apenas em 1998, quando chegou em terceiro lugar, surpreendendo e tendo até hoje, sua melhor participação em copas.
A Croácia se classificou para a Copa de 1998, na França, após ficar em segundo lugar de seu grupo, vencendo na repescagem a Ucrânia, pelo placar agregado de 3-1 (2-0, primeiro jogo e 1-1, segundo jogo). No Mundial, foi sorteada no Grupo H junto com Jamaica, Japão e Argentina, conseguindo passar para a próxima fase em segundo lugar, vencendo das fracas Jamaica e Japão por 3-1 e 1-0, respectivamente. O último jogo contra a Argentina terminou em derrota por 1-0, colocando os hermanos na primeira colocação. A campanha regular na fase grupos, com seis pontos, 4 gols marcados e 2 gols sofridos. Nas oitavas de final, não tinha um grande adversário pela frente, passou pela Romênia vencendo por 1-0, com um gol de pênalti marcado Suker. Surpreendeu mesmo quando eliminou a Alemanha com uma goleada de 3-0. Na semifinal enfrentou a França, perdendo por 2-1 e vencendo, logo depois, a disputa pela terceira colocação, por 2-1, sobre a Holanda.
O grande destaque da participação da Croácia na Copa de 2002 foi em sua eliminatória, quando conseguiu liderar o grupo 7 de forma invicta, com 5 vitórias e 3 empates. Mas na Copa acabou ficando pela fase de grupos, perdendo para o México por 1-0 na estreia, vencendo a Itália por 2-1 e perdendo para o último colocado do grupo, o Equador, por 1-0. Acabou em terceiro lugar com apenas 3 pontos.
Em 2006 continuou forte nas eliminatórias, se classificando novamente de forma invicta com21 pontos. No Mundial pegou um grupo que tinha Brasil, Austrália e Japão, um grupo fácil, que poderia sair classificado. Perdeu a primeira partida para o Brasil por 1-0, empataram com a Austrália em 0-0 e com o Japão em 2-2, terminando em 3 colocado no grupo.
